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버섯이 감염을? | Science 2012-07-31 13:08
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여러 저널의 8월호에 실린 논문들 가운데 마지막 논문은 감염 case 논문입니다.

저는 종 동정(species identification)을 의뢰받고 동정을 하고, 동정 방법 등에 대한 부분을 작성한 논문입니다. 

병원의 안과와 감염내과 등이 관련되어 있어서 주저자가 제1저자 둘, 교신저자 둘로 된 논문입니다. 사실 어느쪽이 더 많은 공헌을 했다고 하기가, 보는 관점에 따라서 다른 것 같습니다. 그래서 거의 비슷한 공헌을 했다고 해서 그렇게 정해졌습니다. 


논문은 사실 간단합니다.

Sino-orbital infection에 관한 것인데, 그 감염원이 Schizophyllum commune이라는 겁니다. 그런데, 이 Schizophyllum commune이 '치마버섯'입니다. 

나무 줄기에 붙어자라는 조그만 치마 모양의 버섯이 바로 치마버섯입니다. 

원래 버섯 쪽 계통분류를 전공했었고, 치마버섯도 다루었어서 이 버섯이 사람에게 감염도 일으킨다는 것은 문헌을 통해서 알고 있었습니다. 그런데, 동정을 해본 결과 이게 정말 치마버섯이고, 배지에서 오래 키우면 자실체(fruiting body)도 형성한다는 것을 보고는 신기하고 놀라웠습니다. 








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고통을 느끼지 못하는 뇌 | 책을 읽으며 2012-07-27 20:34
테마링
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닉 레인의 훌륭하고도 어려운 책, <생명의 도약>을 다시 읽고 있다.
(작년에 이어 두번째다)

아홉번째 장은 '의식'에 관해서인데, 다른 생명의 도약들(이를테면 DNA, 광합성, 진핵세포, 시각 등)에 비해 아주 조심스럽고, 쓰는 방식도 다르다.

언젠가 읽었던, 뇌를 이해하는 것은 그 수단이 또 다시 뇌이기 때문에 불가능할지도 모른다는 글귀를 다시 생각나게 하는데, 정작 닉 레인은 상당히 낙관적이다.

아직은 잘 모르지만, 의식도 설명이 가능할 것이라는 것이다. 낙천주의라기보다는 철저한 생화학자, 다윈주의자의 태도다.

그런데 이 부분에서 나는 뇌가 자체적으로는 고통을 느끼지 못한다는 것을 처음 읽었다.

(물론 처음 읽지는 않았을 것이다. 그런데, 처음 같다.)

 

"뇌는 세상일에는 그렇게 민감하면서도 자체의 고통을 감지하는 수용체가 없기 때문에 고통을 전혀 느낄 수 없다. 그런 이유에서 일반적인 마취를 하지 않고도 뇌수술을 할 수 있는 것이다." (416쪽)

 

왜 이렇게 되었을까?

그냥 그렇게 된 것일까?

다윈주의자 닉 레인은 그 답게 적절한 대답을 내놓는다.

"위험한 순간에 자신의 내면을 들여다보는 것은 혹독한 자연선택에서 살아남는 데 적합한 특성은 아니다. 그리고 그 결과 우리의 지각과 감정은 투명해졌다. 지각과 감정은 그대로 있지만, 물리적인 신경의 기반에 대한 느낌은 하나도 남지 않은 것이다."

 

그리고 이렇게 정리하고 있다.

"우리의 뇌는 생존을 위해 스스로를 차단한 것이다."

 

모든 것을 다 주관하려하지만, 정작 자신 자체만은 외부와는 차단시킨 것이 우리의 뇌라는 것이다.

묘한 느낌이다.  

 

 



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항생제 내성 유전자, 정말 잘 옮겨다닌다 | Science 2012-07-27 14:45
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AAC (Antimicrobial Agents and Chemotherapy)에 발표한 또 한 편의 논문은 짧은 논문입니다. 먼저 소개한 논문에서도 얘기했듯이 앞의 논문과 관련된 실험을 하는 도중에 나온 논문입니다. 그렇다고 한 논문으로 묶을 수도 없는 내용이었습니다.



앞의 논문은 Acinetobacter baumannii라는 종에 대한 연구였는데, Acinetobacter 속에 속하지만 다른 종에 대해서도 항생제 내성 유전자의 유무를 살펴보았었습니다 (사실은 모든 Acinetobacter 속에서 먼저 확인을 한 후 종 동정을 시도한 경우도 많았습니다.). 그런데, 다른 종에서는 잘 나오지 않는 OXA-23이 나왔습니다. 과거에는 Acinetobacter genomic species 13TU라고 불리던, 지금은 Acinetobacter nosocomialis로 불리는 종이었습니다. 그리고 아시아 균주(정확히는 태국)에서 온 균주에서도 마찬가지였습니다 (역시 A. nosocomialis). 이 두 균주에 대해서 더 조사해본 결과 A. baumannii와 마찬가지로 AbaR4 형태의 resistance island를 가지고 있었습니다.

아마도 A. baumannii의 resistance island가 A. nosocomialis로 전달된 것이라 여겨집니다.


이와 같은 것은 아직까지 보고된 바가 없었고, 이를 간단히 논문으로 써서 발표하게 된 것입니다. 쓰는 시간도 별로 걸리지 않았고, 투고하고 게재 허가까지도 몇 일이 걸리지 않았습니다.

 

항생제 내성 유전자가 종 사이에서는 정말 잘 옮겨 다닙니다!





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우리나라 아시네토박터균의 resistance island | Science 2012-07-27 11:41
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미국 미생물학회에서 발간하는 “Antimicrobial Agents and Chemotherapy" 8월호에는 두 편의 논문이 연이어서 실렸습니다.


둘 다 아시네토박터(Acinetobacter)에 대한 논문입니다. 그리고 모두 아시네토박터의 resistance island에 관한 내용을 포함하고 있어서 비슷하게 보이기도 합니다. 그런데, 하나는 본격적인 논문이라고 한다면, 나머지 하나는 앞의 연구와 또 다른 연구 과정에서 나온 부산물 같은 것입니다. 예상치 못했던 종(species)에서 resistance island와 내성 유전자가 나온 것을 발표한 논문입니다.

우선 앞의 것을 소개합니다.

제목은 이렇습니다.

“Variations of AbaR4-type resistance islands in Acinetobacter baumannii isolates from South Korea"

 



제목 그대로 우리나라에서 분리한 아시네토박터 균에서 AbaR4 형태의 resistance island의 변이에 대해서 보고한 것이다.

여기서 resistance island란 것에 대해서 설명을 해야할 것 같습니다. 프랑스의 연구진이 2006년, 내성을 갖는 아시네토박터와 항생제 감수성인 아시네토박터의 genome을 분석하다가 감수성균에는 없는 부분을 내성균 genome에서 발견했고, 이 부분에 내성 유전자들이 몰려 있는 것을 알아냈습니다. 그래서 이 부분을 resistance island라고 명명했습니다. 기존에 병원성 균주들에만 있는 부분을 pathogenicity island라고 부르는 것처럼 말이죠. 그리고, AbaR이라고 부른 이 부분이 아시네토박터의 항생제 내성에 대해서 상당 부분을 담당할 것으로 보고했고, 이후로 이에 대한 연구가 많이 진행되었습니다. 그래서 이 resistance island가 많은 균주의 genome의 같은 부분에만 삽입되었다는 것도 밝혀졌고, 여러 형태들이 존재한다는 것도 밝혀졌습니다. 그래서 AbaR1부터 번호가 붙여져서 지금은 20번이 넘는 번호가 붙여졌습니다.

 

유럽이나 호주 등의 아시네토박터 균에 대해서는 이에 대한 연구가 많이 진행되었는데, 우리나라 균주에 대해서는 이에 대한 연구가 진행된 것이 없었습니다. 특히 짧은 기간 동안 항생제 내성이 급격히 증가한 우리나라의 경우에 이 resistance island의 영향인지 아닌지를 알아볼 필요가 있었습니다. 그 결과 대부분의 내성균의 경우 AbaR4 형태를 가지고 있었고, 이 AbaR4 형태도 몇 가지의 변이가 있었습니다. 그 AbaR4의 경우에 많은 경우 OXA-23이라고 하는 항생제 내성 유전자를 가지고 있는데, 우리나라 균주 중 특정 clone에는 다른 위치에 있는 것으로 판단되었고, 감수성 균주에서도 AbaR4가 있는 것으로 나타났습니다.


그래서 우리나라의 경우에 외국에서 널리 퍼져 있는 resistance island가 마찬가지로 존재하고 있다는 것과, 그것이 항생제 내성과 절대적으로 관련성을 없다는 것을 알게 되었습니다. 지금은 우리나라를 포함한 아시아 국가의 균주들을 대상으로 조사 중에 있습니다. 그 연구를 통해서 아시네토박터균이 어떤 경로로 퍼져나가고 있는지를 짐작할 수 있으리라 생각합니다. 





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비소 기반 생명체는 없다! | Science 2012-07-26 11:28
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논란이 많던 비소를 기반으로 해서 살아가는 세균에 대한 반박 논문이 나왔네요. 
지구상의 생명체들이 인(P)을 기반으로 하고 있기 때문에 비소를 기반으로 하는 세균(GFAJ-1)의 존재는 외계 생명체의 존재 가능성을 암시하는 것으로 알려져 큰 주목을 받았지만, 여러가지 의문을 낳았고 논쟁이 오갔었습니다. 

거의 2년만에 나온 논문은 이 GFAJ-1을 더 면밀히 연구했습니다. 그래서 기존에 주장과는 달리 생존을 위해서 인 대신 비소로 완전히 대체할 수 없다는 것이 밝혀냈습니다. 
원래 NASA의 논문이 인 대시 비소를 넣은 배양액에서 자란다고 했지만, 새로운 논문에서는 그 배양액이 (세균의 성장을 도울 정도로 충분하게) 인산염으로 오염되어 있었다고 주장하고 있습니다. 그래서 GFAJ-1이라는 세균은 인 대신 비소를 생명의 기본 원소로 사용하는 것이 아니라 비소가 많은 극한의 환경에서도 적응해서 살아가는 생명체라는 것입니다. 

원래의 논문도 Science에 나왔는데, 이번 논문들도 Science에 나왔네요. 

정확히는 발표되었다기보다는 on-line으로 먼저 소개되었습니다. 




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녹농균의 항생제 내성에 관한 논문 발표 | Science 2012-07-26 10:37
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Pseudomonas aeruginosa, 우리말로 녹농균이라 불리는 세균의 항생제 내성에 관한 논문도 최근에 발표했습니다. <International Journal of Antimicrobial Agents>라는 journal 8월호에 나왔습니다.





이 IJAA는 최근 들어서 impact factor가 꾸준히 상승하고 있는 journal입니다. 과거에 처음에 이 journal에 논문이 낼 때는 겨우 2점 정도였고 논문들의 수준도 그저그러했지만, 지금은 impact factor가 4점이 넘고 논문 수준도 점점 올라가고 있다는 것을 느끼게 됩니다.

이 논문을 이 journal에 발표하게 된 것은 어쩌면 아쉽고, 또 어쩌면 다행스럽게 생각됩니다. 이보다 더 좋은 journal에 낼 수 있었던 논문인데 하는 아쉬움과 그래도 이 journal에라도 낼 수 있어서, 그것도 원래 논문 내용의 일부만을 가지고 낼 수 있어서 다행이라는 생각이 함께 있는 것입니다.


내용은 우리나라에서 나온 녹농균에서 carbapenem 계열 항생제에 대한 내성의 메카니즘을 분석한 것입니다. 원래 처음 썼던 논문에서는 여기에 carbapenem 내성 녹농균 균주들의 클론 분석까지 포함시켰지만, IJAA에 투고하면서는 그 부분은 뺐습니다. Carbapenem 내성과 관련되었다고 여겨지는 내성 메카니즘이 여러 가지가 있는데, 우리나라의 균주들에서는 어떤 것들이 중요한지를 조사했고, 내성에 기여하는 정도를 측정했습니다. 그래서 기존에 나왔던 내성 메카니즘 중 어떤 것은 별로 영향이 없고, 또 어떤 것은 중요한 것으로 나왔습니다. 예를 들면, orpD의 발현의 감소와 MexAB-OprM라는 efflux system의 발현 증가가 녹농균의 carbapenem 내성과 관련이 깊다는 것입니다.



원래 논문의 나머지 부분은 추가 실험을 거쳐서 다시 다른 journal에 투고 중입니다. 그 논문에 대해서도 좋은 소식이 왔으면 좋겠습니다.



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항생제 내성 유전자를 갖는 플라스미드가 직접 옮겨갔을까? | Science 2012-07-25 11:34
http://blog.yes24.com/document/6643232복사Facebook 보내기 트위터 보내기

7월 들어 주저자로 발표된 논문이 다섯 편이 되었다.

모두 8월호에 나오는 논문들이다.

어떤 것은 정말 많은 공을 들였던 논문이고, 또 어떤 것은 가벼운 마음으로 작성했던 논문도 있다.

한꺼번에 소개하기는 그렇고, 우선 발표된 날짜 순으로 소개해본다.

 

<Journal of Antimicrobial Chemotherapy>라는 영국 화학요법학회 (BSAC)에서 내는 저널에 발표한 논문은 대장균 (E. coli)와 폐간균 (Klebsiella pneumonia)에 관한 것이다.

이 세균들은 90년대 말부터 ESBL이라는 효소를 갖는 것들이 증가하기 시작했는데, ESBL extended spectrum β-lactamase의 약자로, 다양한 항생제에 대한 내성을 갖도록 한다. 여러 효소들을 포함하는 ESBL 중에서 과거에는 TEM이라든가, SHV 계열의 효소들이 많았는데, 최근 들어서는 CTX-M 계열의 ESBL이 전세계적으로 증가하고 있다. 물론 우리나라에서도 그렇고, 아시아에서도 그렇다 (이 내용은 나도 계속 발표하고 있는 내용이다.)

그 중에서도 과거에는 우리나라에는 CTX-M-14가 많았는데, 최근 들면서 CTX-M-15가 증가하고 있다. CTX-M-15 E. coli에서 주로 보고 되었는데, 점점 K. pneumoniae에서도 나타나고 있는 상황이다 (역시 이 내용도 내가 보고한 바 있다).

그런데 궁금해진 것이, CTX-M 계열의 효소의 유전자는 주로 플라스미드에 존재하는데, E. coli CTX-M-15 K. pneumoniae CTX-M-15 사이에는 어떤 관련이 있는지에 대한 것이었다. E. coli plasmid가 통째로 K. pneumoniae로 넘어와서 K. pneumoniae CTX-M-15를 가지게 되었는지, 아니면, CTX-M-15의 유전자를 포함하는 일부분만 넘어오게 된 것인지, 아니면 또 다른 루트가 있는지

이를 밝히기 위해서 우리가 가지고 있는 CTX-M-15를 갖는 E. coli K. pneumoniae의 플라스미드를 분석한 것이 바로 이 논문이다.

결과는 굉장히 다양한 플라스미드에 CTX-M-15 유전자가 존재하는 것으로 나타났다. 그리고 E. coli의 플라스미드와 K. pneumoniae의 플라스미드의 유전형이 다른 것으로 나타나 직접 플라스미드가 전달되는 방식으로 CTX-M-15가 옮겨 간 것은 아니란 잠정적인 결론을 내릴 수 있었다.

여기까지가 이 논문이다.

 


그런데, 우리는 이 논문을 투고하고 나서 플라스미드를 통째로 염기서열 분석을 시도하고 있었다. 아직 분석은 다 끝나지 않았는데, E. coli의 플라스미드와 K. pneumoniae의 플라스미드가 유사한 특징을 보이는 경우도 있는 것 같다. 분석이 다 끝나고 논문을 쓸 때면 분명해질 것이다. 이는 분석 방법에 따라서 결론이 달라질 수도 있다는 것을 의미한다. 그리고 이 논문에서 쓰인 방법이 그렇게 정교한 방법이 아니라는 것도 의미한다



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스티븐 제이 굴드 | 책을 읽으며 2012-07-24 11:19
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어제 서점에서 앞서 쓴 대로 <왓슨 분자생물학>을 사면서 함께 스티븐 제이 굴드의 <여덟 마리 새끼 돼지>를 함께 구입했습니다.


스티븐 제이 굴드의 에세이 선집입니다. 

스티븐 제이 굴드는 저에겐 진화학 선생님 같은 분입니다. 

물론 한번도 직접 뵌 적은 없습니다. 

제가 가지고 있는 진화에 관한 지식과 개념이 아마도 스티븐 제이 굴드에게서 비롯된 것이라 생각하고 있습니다. 

물론 지금은 그 외에도 많은 대가들의 생각과 이론이 스티븐 제이 굴드의 것을 많이 지웠지만, 애초에 시작은 스티븐 제이 굴드였다고 말할 수 있습니다. 



그는 2002년에 작고했습니다. 

그것을 정확하게 기억할 수 있는 이유는 그 작고 소식을 미국 학회장에서 들었기 때문입니다. 

2002년 미국 미생물학회(ASM) 연례 미팅 opening ceremony에서 

(아마도 회장이) 

"어제 Stephen Jay Gould 박사가 돌아가셨습니다."라는 소식을 전했습니다. 

그는 미생물학자가 아니었습니다. 

그럼에도 미생물학 행사장에서 그의 작고 소식을 전할 정도로 유명했고, 영향력이 있었던 것입니다. 







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분자생물학 책을 구입하고 | 끄적이다 2012-07-24 00:50
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서점에서 <왓슨 분자생물학 6판>을 구입했다.

이 분야의 책이 필요해서 내 사무실의 책장을 뒤져보았더니 쓸만한 책이 없었다.

명색이 공부하고, 가르치고, 연구하는 직업이고,

넓게 보아서는 이 분야를 몰라서는 안되는 상황인데도 그랬다.

꼴이 한심해보였다.

첫장부터 끝장까지 밑줄 쳐가며서 공부할 것은 아니지만,

그래도 구입한 김에 몇몇 부분은 학생 공부하듯 해볼 작정이다.

 



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[스크랩] [신청] 처음 읽는 유럽사 | 이벤트 관련 2012-07-23 15:11
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리뷰어클럽
  

 

[처음 읽는 유럽사]
 
 저자 : 데이비드 메이슨 저/김승완 역 

 출판사 : 사월의 책

신청기간 : 7월 18일~ 7월 24일

 모집인원 : 15
 리뷰어발표 :  7월 25(수)

 

쉽고 명쾌한 최상의 유럽사 입문서!
- 오늘의 유럽을 이해하기 위한 출발점


『처음 읽는 유럽사』는 여러 나라로 분리되어 있던 유럽이 프랑스혁명과 동유럽혁명을 거쳐 유럽연합으로 통합되어가는 200년의 역사를 한눈에 볼 수 있게 담아낸 책이다. 1789년 프랑스혁명에서 시작하여 1989년 동유럽혁명으로 마무리되는 ‘혁명의 유럽사’가 오늘날의 유럽 공동체를 형성했을 뿐 아니라 세계사의 흐름을 바꾸어 놓았다는 것이 이 책의 주요 주제이다. 친절하고 균형 잡힌 역사 서술로 유럽 근현대사를 공부하는 미국 대학생들이 가장 즐겨 읽는 역사책이기도 한 『처음 읽는 유럽사』는 유럽사를 처음 접하는 독자들과 오늘의 유럽을 깊이 이해하고자 하는 모든 이들에게 좋은 출발점이 되어줄 것이다.

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안녕하세요 리벼c 입니다.

유럽! 여행시즌인 지금, 이름만 들어도 설레는 곳이죠~ 그렇다면 많은 이들이 막연한 동경의 대상으로 삼고 있는 '유럽'의 역사에 대해, 당신은 무엇을 알고 있나요? <처음 읽는 유럽사>는 미국 대학생들이 가장 즐겨 읽는 유럽 역사책중 하나입니다. 처음엔 다소 딱딱한 구성에 강의실에 들어간 기분이 될지도 모르지지만, 역시 검증된 교양서 답게 일목 요연한 정리로 우리가 꼭! 알아두면 좋을 유럽 역사의 이모저모에 대해 깔끔하게 설명했어요. 다음 유럽 여행은 이 핵심 유럽사를 바탕으로 하면 더욱 알찰 것 같네요^^리뷰어 15분 모십니다~ 

 

공지사항을 잘 숙지 하신 후, 신청해 주세요. 항상 저희 리뷰어클럽에 관심과 사랑 가져주셔서 진심으로 감사합니다.

 

* 기존 클럽과 운영진 아이디는 사용하지 않습니다.  꼭 블로그 방명록을 이용해 주세요.

* 책의 표지 이미지를 클릭하시면 도서의 상세정보와 미리보기를 보실 수 있습니다.
* 반드시 스크랩 해주셔야 합니다. 선정시 불이익이 있으니 주의해 주세요!
*책 받으실 주소를 마이페이지의 '기본주소'로 설정해주세요!  방명록에 따로 주소 받지 않습니다. 공지를 읽지 않으셔서 생기는 불이익은 리뷰어클럽에서 책임지지 않습니다.(공지: http://blog.yes24.com/document/4597770)


 

한 달(모집글 공지일 기준, 정기도서리뷰어>리뷰어신청하기 / 불친절한캐롯씨 시즌2>리벼c의 퀴즈)에 정기3종 도서와 리벼c의 퀴즈 코너 전체에서  한 분의 리뷰어는 최대 4종의 책 까지 저희 리뷰어클럽을 통해서 책을 받으실 수 있습니다. 이미 4권의 책에 당첨되셨다면 그 후로는 신청을 하셔도 선정되시지 않습니다. (1권~3권 까지 당첨되신 분들은 또 당첨될 수 있는 기회가 있는 것이지요) 

 

* 이벤트 소식의 특별 이벤트와 난쏘공은 제외입니다. 

* 이전에는 격주(정기도서) / 격회(리벼c의 퀴즈) 로 신청할 수 있었지만 앞으로는 관심있으신 책이라면 연이어 신청하셔도 무방합니다.  

* 질문이 여럿 올라오셔서요. ^^ 모든 참여자들에게 책 4권을 드린다는 뜻이 아닙니다. 한달에 4번 초과로 당첨되실 수는 없다는 뜻이어요 ^^

 

 

             ※ 리뷰어클럽 블로그, 처음오셨나요?
             http://blog.yes24.com/document/4337492
 
             ---> 이곳을 읽어주세요 ^^
선택한 도서 공지글을 자신의 블로그에 스크랩해서 그 주소를 남겨주세요. (스크랩 필수입니다!)


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