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왜 그들만 보일까? | 책을 읽으며 2012-09-29 12:13
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탐욕의 경제학에 근본적인 비판을 목적으로 하는 이브 스미스의 <이콘드>에서 금새 눈에 띄는 대목이 있다.

 

"분에 넘치는 정책 결정 참여. 경제학자들은 민주주의 사회에서 맡은 역할은 위험천마할 정도다. 그들은 이른바 과학적 절차라는 것을 사용해 자주 부당한 권위를 얻고, 스스로 관대한 심판인 척하지만 막강한 영향력을 휘두른다." (65쪽)

 

과학이라고 할 수 있는 자의적인(좀 심한가?) 이론의 틀을 가지고, 현실을 재단하는 경제학자들이 너무 많은 영향력을 가지고 정책을 좌지우지한다는 얘기다.

겹치는 장면은 요즘 많은 교수들(대부분 사회과학이라 불리는 분야의 교수들이다)이 대선 후보들의 캠프로 몰려가는 현상이다. 말하자면, 그들이 이 나라의 미래 모습을 많이 결정할 것이다. 그런데 누가 그런 권력을 주는 것일까? 우리는 대통령의 여러 면을 보고 뽑지만, 정작 더 중요한 것은 다른 것일지도 모른다. 이브 스미스도 지적하듯이 선출되지 않은 권력은 위험하다.

 

한 가지를 더 지적하면, 거기에 정말 과학자는 없다는 점이다. (물론 과학자들이 대선 캠프로 몰려가야 한다는 얘기는 아니다. 왜 그쪽은 몰려가는데, 이쪽은 없냐는 식의 딴지 같은 것이다.)

지적 능력이 모자라서? 나라의 발전과는 그다지 상관없어서? 애국심이 떨어져서?

 

 

 

 



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진중권과 내가 읽은 『읽지 않은 책에 대해 말하는 법』 | 책을 읽으며 2012-09-27 10:35
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진중권의 『생각의 지도』를 목차도 보지 않고, 거의 다 읽다가 뒤쪽에 “읽지 않은 책에 대해 말하는 법”이라는 꼭지가 있다는 걸 발견했다. 피에르 바야르의 『읽지 않은 책에 대해 말하는 법』을 읽고 쓴 글이다. 몇 개의 글을 건너뛰고 그것부터 읽었다. 궁금했다. 이 사람은 어떻게 읽었는지.

나는 이렇게 읽었었다.

“책읽기는 중단하지는 않을 것이나 책읽기를 통해서 과연 얻을 것이 무엇인지는 다시 생각하게 하는 것이다. 책이란 문자로 이루어져 있지만, 그 문자에만 몰입하는 경우 우리는 세상에 대해 협소한 이해에 머물고야 말 것이다.” (http://blog.yes24.com/document/6661953)

 

아마도 변기 위에서 읽었을 이 책을 진중권은 ‘육체와 정신, 이중의 해방을 의미했다’고 쓰고 있다. 아마도 읽지도 않은 책에 대해 마치 읽은 것처럼 가장했던 과거에 대한 해방이리라. 그리 예상했고, 예상은 맞았다. 원전은 제쳐두고 해설이나 철학사 책을 통해 자신의 생각을 확인하고 논문을 썼다는 얘기다. 직접 읽지는 않았으되, 간접으로는 읽은 책인 셈이니, 피에르 바야르의 ‘읽지 않은 책’에 대한 정의에 꼭 맞는지는 조금 의문이다. 하지만 진중권에게 피에르 바야르는 자신의 행위에 정당성을 부여해주는 역할을 한 셈이다. 사실 피에르 바야르가 없었더라도 충분히 자신의 행위에 옹호할 만한 능력도 가지고 있는 이가 진중권이고, 그렇게 굳이 옹호할 만큼 큰 죄라고 생각하지도 않는다.

 

말하자면 나는 반성을 했고(“자, 그러고 보면 내가 부끄러워진다.”), 진중권은 해방을 느꼈다. 




 



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다 일고 있음의 불편함 | 끄적이다 2012-09-26 22:54
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오늘 일로 사람들을 만났다. 

열 명 남짓. 

나는 모든 사람들을 알고 있었고, 그런 사람은 내가 유일했다. 

전에 인사가 없었던 이들끼리 서로 인사하고...

다 알고 있다는 사실 자체가 오히려 불편했다.

글쎄, 뭐랄까. 내가 묻혀간다는 느낌.

 



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적응의 서열 (Hierarchy of adaptation) | Science 2012-09-26 14:13
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음악가의 뇌는 다르다!! | 책을 읽으며 2012-09-24 16:36
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올리버 색스의 <뮤지코필리아>의 한 대목. 

"1995년 이들(하버드대학의 고트프리트 슐라우크 등)은 뇌의 양측반구를 이어주는 연결 부위인 뇌량이 전문 음악가인 경우 더 크고, 청각 피질의 일부인 측두평면은 절대음감이 있는 음악가에서 비대칭적으로 확장되어 있음을 밝혀낸 논문을 발표했다." (151쪽)


이어지는 대목은 또 이렇다. 

"오늘날 해부학자가 뇌를 보고 그것이 화가의 뇌인지 작가의 뇌인지 아니면 수학자의 뇌인지 선뜻 판단하기는 어렵다. 그러나 전문 음악가의 뇌는 한순간의 망설임도 없이 금방 알아낼 수 있다."


놀라운 일 아닌가?

비록 그게 선천적인 것인지, 아니면 음악 교육에 의한 것인지는 분명하지 않다지만, 음악이라는 것이 그만큼 뇌에 큰 영향을 미친다는 것이다. (혹은 음악의 뇌는 따로 있다?)

사실 피아노 과제를 준 다음 뇌를 조사한 결과에 따르면 몇 분 만에 뇌의 운동 피질에 변화를 보인다는 것을 보면 선천적인 것 뿐만 아니라 교육이 뇌를 변화시키는 부분도 크다는 것을 의미한다.  







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올리버 색스의 읽은 책, 읽고 있는 책, 읽을 책. | 책을 읽으며 2012-09-23 07:12
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잠깐 언급했듯이 지금 읽고 있는 책은 올리버 색스의 『뮤지코필리아』이다.

임상보고서 같은 이야기를 이처럼 흥미있게 쓸 수 있는 이는 아마 올리버 색스 뿐이 아닐까 싶을 정도로 빠져든다.

올리버 색스의 책을 다 읽어볼까 싶다.

그래서 정리해보는 건데, 지금까지 올리버 색스의 책으로 읽은 것은 『아내를 모자로 착각한 남자』, 『화성의 인류학자』, 그리고 『이상하거나 멍청하거나 천재이거나』(『엉클 텅스텐』)이다.

 

   

지금 읽고 있는 책은 뮤지코필리아』.

내 책상 한 켠에 읽히기를 기다리고 있는 『깨어남』도 있다.

 

 

 

그리고, 주문을 기다리고 있는 책들은 『편두통』, 『색맹의 섬』, 『나는 침대에서 내 다리를 주웠다』이다.

 

    



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렌스키, 굴드, 올리버 색스, 그리고 exaptation | 책을 읽으며 2012-09-22 16:35
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어제 소개한 Lenski 교수의 Nature 논문(http://blog.yes24.com/document/6784974)의 두번째 문장은 이렇다.

"These traits are thought to arise typically by the exaptation of genes tha previously encoded other functions through processes such as domain shuffling, altered regulation and duplication followed by neo-functionalization."

 

여기에 'exaptation'이라는 단어가 나오는데, 낯선 단어였다.

그래서 찾아보았는데, 영어 사전에는 없고 설명만 이렇게 되어 있다.

'어떤 환경에서 진화된 후 다른 환경에서 다른 기능을 위해 진화되는 것'

'선택적 진화' 또는 '굴절 적응'이라고 번역되는 단어다.

그리고, 참고문헌으로 달려있는 논문은 바로 스티븐 제이 굴드(Stephen J. Gould)의 것이다.

"Gould, S.J. & Vrba, E.S. Exaptation - a missing term in the science form. Paleobiol. 8, 4-15 (1982)."

 

아마도 전부터 있던 용어, 혹은 단어 같은데, 굴드가 다시 살려낸 용어라 여겨진다.

 

그런데, 이 용어를 오늘 다시 만났다.

바로 올리버 색스의 <뮤지코필리아>라는 책에서다.

올리버 색스가 '뇌와 음악'에 관한 글을 모은 책이다.

진화적으로 쉽게 그 적응성을 찾기가 힘든 음악이 왜 생겨났을까에 대한 논의가 있는데, 그것을 설명하기 위한 용어로 설명하고 있는 것이다.

 

"핑커(를 비롯한 몇몇 학자들)은 우리의 음악적 능력이-적어도 그 일부는-다른 목적을 위해 이미 개발된 뇌 체계를 슬쩍 가져다 씀으로써 가능하게 된 것으로 본다. 인간의 뇌에 단일한 '음악 중추'가 없고 음악 활동을 할 때 뇌의 곳곳에 흩어진 여러 네트워크들이 동시에 가동한다는 사실이 이를 뒷받침해준다. 비적응적 변화라는 당혹스러운 문제를 정면으로 파고든 첫번째 학자인 스티븐 제이 굴드는 그런 뜻에서 적응이 아니라 굴절적응(exaptation)이라는 용어를 쓴다. 그는 음악이야말로 굴절적응의 확실한 예라고 말한다." (10쪽)

 

과연 음악이 굴절적응의 예가 되는지, 아니면 진정 적응(adaptation)의 예가 되는지는 논란이 있는 것 같지만, 똑같은 용어를 한번은 최신의 논문, 그것도 미생물 진화에 관한 논문에서, 그 다음날은 음악에 관한 책에서 본다는 것은 묘하다.

이젠 잊지 않을 것 같다. Exaptation!

 



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Lenski 교수의 집념이 일군 또 하나의 성과 | Science 2012-09-21 16:26
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또 Lenski 교수의 논문이 Nature지에 실렸습니다.

최근 Nature지 온라인판에 올라온 논문인데, Michigan대의 Richard E. Lenski 교수는 수십 년 간 대장균을 계대배양하면서 그것들의 변화, 즉 진화를 연구해오고 있는 연구자입니다.

처음 그 연구에 대해서 들었을 때는 2002년 미국 ASM General meeting에 갔을 때였습니다. 학과 선배들과 저녁을 먹는데, 한 분이 그런 일을 하는 사람이 있다는 얘기를 했습니다. 정말 끈기가 있어야 하는 일이겠거니, 연구비는 어디서 나오지? 등등의 얘기들을 했던 기억이 납니다.

그 수십 년 동안 쌓아놓은 기초를 토대로 지금은 genomics와 결합해서 정말 좋은 논문들이 쏟아져나오고 있습니다. 그 수만 번의 배양 동안 표현형들이 변했는데, 그렇게 변한 표현형의 유전적 기초에 대해서 계속 밝혀지고 있기 때문입니다.

이런 Lenski의 연구는 도킨스의 책 『지상 최대의 쇼』에서 진화의 분명한 예로 소개하고 있기도 합니다.

 



이번에 발표한 논문은 대장균이 citrate라고 하는 성분을 이용하게 된 유전적 기초와 진화적 혁신에 대해서 다루고 있습니다. 원래 대장균은 citrate를 이용하지 못합니다. 그런데, 수만 세대 동안 거듭해서 배양하는 동안 일부 계통에서 이 citrate를 이용할 수 있는, 이른바 evolutionary novelty가 생겼습니다. 그것이 어떤 유전적 기초를 가지고 있는지 whole genome sequencing을 통해서 밝히고 있는 것입니다. 이른바 gene duplication, 유전자가 추가로 복제되는 현상을 통했다는 것인데, 이런 현상이 전혀 알려지지 않았던 것은 아니지만 진화적으로 분명하게 어느 단계에서 어떤 특정한 역할과 관련지어서 일어났다는 것을 보여주고 있기 때문에 Nature에도 실릴 수가 있는 거라 봅니다.

모든 게 수십 년 그 지리한 계대 배양이라는 바탕이 있었기에 가능한 일입니다.





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환경의 Acinetobacter | Science 2012-09-19 11:59
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DMID (Diagnostic Microbiology and Infectious Disease) 8월호에 게재된 저희 새 논문입니다.

환경에서 분리한 Acinetobacter에 관한 논문인데, 주로는 종의 동정과 항생제 내성에 관한 내용입니다.

Acinetobacter에 관해서는 여러 차례 소개한 바가 있습니다.

그래도 다시 반복해보면, 원래 이 세균은 병원균으로서는 무시되어던 세균입니다. 별로 병을 일으키지도 않고, 그래서 우리 몸 속에 있더라도 별로 해가 되는 세균은 아니라고 봐왔던 거죠.

그러던 것이 2000년대 들면서 상황이 바뀌었습니다. 병원의 중환자실에 입원한, 면역력이 떨어지는 환자들이 이 세균에 감염되고 상황이 안 좋아지는 경우가 많아진 것입니다.

더더욱 유명해진 것은 미국의 걸프전쟁, 이라크 전쟁에 참전했던 병사들 중 부상을 입어 입원한 환자들이 감염이 되는 것이 보도되면서입니다 (그래서 Iraquibacter란 별명도 얻었습니다.)

최근에는 일본 도쿄의 대학병원에서 집단 감염이 일어나 수십 명이 감염되고, 9명 이상이 사망하는 일이 생겨 병원 관계자들이 형사 처벌받는 경우까지 있었습니다.

우리나라에서도 중환자실에서 병원감염을 일으키는 2,3위에 해당하는 세균으로 가장 골치아픈 세균으로 여겨지고 있습니다. 더군다나 항생제 내성률이 무척 높아 더더욱 치료가 힘들어지고 있는 세균입니다.

 

저희는 2006년 경부터 이 Acinetobacter에 대해 연구해오고 있는데, 그 동안은 병원내에서 환자들에게서 분리되는 세균에만 집중을 하고 있었습니다.

그런데 이 논문은 환경에서 분리한 세균을 대상으로 하고 있습니다.

다른 연구 과제를 통해서 환경, 특히 토양과 생활환경(토양이나 공기, 물 등을 제외한 인공적인 환경, 예를 들어 놀이터의 놀이기구, 계단 손잡이, 문, 탁자 등)에서 세균을 분리한 적이 있는데, 이것들 중 Acinetobacter만을 집중적으로 분석을 했습니다. 환경에서 분리되는 Acinetobacter와 병원에서 발견되는 세균 사이에 관련성을 보기 위한 것이었습니다.

 

토양과 생활환경에서 분리된 균주들을 대상으로 16S rRNA 유전자의 염기서열을 통해서 토양에서는 8개의 균주, 생활환경에서는 21개의 균주를 Acinetobacter 속에 속하는 세균으로 동정을 하였습니다. 그리고, 보다 더 확실하게 동정을 하기 위해서 rpoB 유전자의 염기서열을 통해 종 수준까지 동정을 했습니다. 그 결과 14개의 종이 확인이 되었는데, 병원내에서 가장 중요하게 여겨지는 Acinetobacter baumannii는 4개였습니다. 모두 생활 환경에서 나왔구요. 그리고 이와 유사한, 즉 A. calcoaceticus-baumannii (Acb) complex라고 불리는, 것들로는, 3개의 A. calcoaceticus, 1개의 A. nosocomialis, 2개의 A. pittii, 2개의 Acinetobacter genomic species 'close to 13TU'가 나왔습니다.

그리고 세 개의 균주는 16S rRNA 유전자, rpoB 유전자나 모두 Acinetobacter 속에 속하는 것으로 나왔지만, 기존의 종과는 다른 것으로 나와 새로운 종(新種, new species)로 생각하고 있고, 그것들의 특징을 더 조사해서 다시 논문으로 투고중에 있습니다.

 

중요한 것은 항생제 내성이었습니다. Acinetobacter 감염을 치료하는데 가장 중요하게 쓰이는 항생제는 imipenem과 같은 carbapenem 계열의 항생제입니다. 이 imipenem 등에 내성을 보이면, 다른 항생제에 대해서도 거의 내성을 갖는 상황이 됩니다. 그렇게 되면, 신장 독성 등의 문제가 있는 colistin과 같은 polymyxin 계열의 항생제를 써야 합니다. 그러니까 imipenem과 colistin 내성이 모두 중요합니다.

저희 결과에서는 3개의 균주가 imipenem에 내성이었습니다. 하나는 A. parvus였고, 나머지 둘은 새로운 종으로 분류된 것이었습니다. 그런데 문제는 colistin 내성이었습니다. 여덟 균주나 colistin에 대해 내성이었습니다. 2개의 Acinetobacter genomic species 'close to 13TU'는 모두 colistin 내성이었고(이 종은 원래 colistin 내성을 갖는 것으로 알려져 있습니다-저희가 발표한 것이긴 하지만), A. baumannii, A. nosocomialis와 같이 병원에서 감염을 일으키는 종들도 한 균주씩 colistin에 내성이었습니다.

 

이 연구는 비교적 간단한 연구이긴 하지만, 몇 가지 시사점을 주는 연구입니다.

우선은 병원내 감염을 일으킨다고 알려진 A. baumannii, A. nosocomialis, A. pittii, Acinetobacter genomic species 'close to 13TU'가 환경에서도 나온다는 사실입니다. 특히 Acientobacter genomic species 'close to 13TU'의 경우에는 우리나라에 특징적으로 많이 나왔는데, 환경과의 관련성에 대해서는 더 연구를 해볼 필요가 있을 것 같습니다.

또 하나는 역시 항생제 내성입니다. imipenem에 대해 내성을 갖는 균주들이 있다는 것도 주목할 만한 것이었지만, colistin에 대한 내성을 갖는 균주가 많았다는 것은 조금 충격이었습니다. Acinetobacter를 비롯한 그람 음성균 감염에 대해 최후의 항생제 중 하나인 colistin 내성은 전세계적으로 높지 않은 것으로 보고되고 있습니다. 하지만, 우리나라에서는 결코 낮지 않은 내성률을 보이고 있는데, 특히 Acinetobacter genomic species 'close to 13TU'의 영향이 큽니다. 그런데, 여기서 분리된 이 종의 한 균주는 이전에 우리가 병원내 환자에게서 분리한 균주와 똑같은 유전형(clone)이라는 것이 밝혀졌습니다. 병원과 환경에 똑같은 clone이 존재한다는 것인데, 어디에서 어디로 전파가 되었는지, 아니면 우연히 똑같은 clone이 나온 것인지는 현 상황에서는 알 수 없습니다.

 

지금까지 Acinetobacter 감염은 병원내 감염에 대해서만 생각하고 있지만, 더운 지방에서는 지역사회 감염도 종종 보고되고 있고, 우리나라에서도 흔하지는 않지만 보고되었습니다. 그러니까, 우리 연구에서 환경에서 분리된 Acinetobacter들이 감염과의 관련성을 전혀 배제하지 못하는 상황입니다. 반대로 병원의 Acinetobacter가 환경으로 흘러나온 것인지도 모르는 일이구요. 더군다나 imipenem이나 colistin과 같이 중요한 항생제에 대한 내성을 갖는 세균이 환경에, 그것도 우리 주변의 생활환경에 존재하다는 것은 신경을 써야만 하는 대목입니다.





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세균들은 경쟁한다 | Science 2012-09-17 17:18
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- 세균들은 경쟁한다



앞에서 소개한 논문과는 달리 이번 논문은 세균들의 경쟁을 이야기하고 있습니다.

Current Biology에 발표된 논문입니다 (역시 좋은 journal입니다).

영국 Oxford 대학과 Imperial 대학에서 나온 연구 결과인데, 그들은 서로 다른 세균 종(species)가 협력적인 'superorganisms'을 형성한다는 이론을 테스트했습니다. 테스트한 방법은 호흡을 통해 나오는 이산화탄소의 양을 측정했는데, 이것을 생산성(productivity)으로 환원시켜 보았습니다.

그 결과, 세균을 서로 섞어 놓았을 때가 서로 분리해서 키웠을 때보다 생산성이 떨어졌습니다. 즉, 사회적 삶(social living)이 비용(cost)였다는 것입니다. (Nature지의 설명을 많이 따랐습니다.)





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