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베르메르 | 책을 읽으며 2015-05-30 20:20
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후쿠오카 신이치의 책 『사람이라는 딱한 생물』에 대한 리뷰를 쓰면서(http://blog.yes24.com/document/8062080) 베르메르에 대한 책을 잔뜩 검색해봤다고 했는데, 다음과 같은 책들이다. 

읽을 거다. 전부 다가 될지 이 중 몇 권이 될지는 모르지만. 



네덜란드 벨기에 미술관 산책

김영숙 저
마로니에북스 | 2013년 05월

 

베르메르, 매혹의 비밀을 풀다

고바야시 요리코,구치키 유리코 저/최재혁 역
돌베개 | 2005년 02월

 

베르메르의 모자

티머시 브룩 저
추수밭 | 2008년 06월

 

베르메르

스테파노 추피 저
마로니에북스 | 2009년 11월

 

얀 베르메르

노르베르트 슈나이더 저/정재곤 역
마로니에북스 | 2005년 12월

 

베르메르의 야망과 비밀

다니엘 아라스 저/강성인 역
마로니에북스 | 2008년 04월

 

베르메르, 방구석에서 그려낸 역사

정진국 역/귀스타브 반지프 저
글항아리 | 2009년 02월

 

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세균 감염에 대처하는 항생제 이외의 방법들 | 책을 읽으며 2015-05-28 16:21
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진화라고 하는 현상은 그저 생물과 환경 사이의 관계만을 의미하지는 않습니다. 

환경이라고 하는 것은 기본적으로 하나의 생물을 제외한 나머지 모든 것을 의미하고, 그래서 실제로는 진화는 생물과 생물 사이의 관계에서 나타나는 현상입니다.. 

진화를 '군비 경쟁(arms race)'로 비유하는 것은 그런 이유 때문일 것입니다. 


진화가 현재에도 일어나는 현상(이건 당연한 것이지만)으로 예를 드는 것 중 하나가 바로 항생제 내성입니다. 

세균은 항생제라고 하는 강력한 무기에 맞서 내성이라고 하는 방패를 끊임없이 만들어내고 강화시켜가고 있습니다. 인간의 입장에서는 항생제 내성이라고 하는 것이 굉장히 곤란한 상황이지만, 세균의 입장에서는 필연적인 대처라고 할 수 밖에 없습니다. 


항생제 내성은 이제 은밀한 얘기도 아니고, 그저 흘려들어서도 안될 얘기가 되었습니다. 그렇게 느끼는 이는 별로 없을 듯 하지만, 실제로 인류의 공포로 다가올 가능성도 없지 않습니다. 항생제가 무력해지는 상황은 끔찍하기 이를 데 없습니다. 그래서 새로운 항생제를 개발해야 하고, 항생제 사용을 줄이거나 적절하게 쓰도록 하면서 내성을 줄여야 한다는 얘기가 많지만, 그게 결코 쉬운 얘기가 아닙니다. 


그래서 과학자들은 항생제 말고 딴 방법을 찾기 시작했습니다. 

세균을 잡아먹는 세균, 

세균을 죽이는 능력을 가지고 있는 펩타이드,

세균을 파괴시키는 바이러스인 파아지(phage), 

유전자를 편집하는 효소, 

중금속. 

이런 것들입니다. 일부는 전망이 좋은 것도 있고, 연구를 많이 해야 하는 것도 있습니다. 


바로 그 얘기가 오늘 자 <Nature>지에 짧게 실렸습니다. 




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"생물학자는..." | 책을 읽으며 2015-05-28 11:55
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생물학자는 정의나 본질을 꼬치꼬치 따지지 않는 법을 배운 사람들이다.” (『직관 펌프 생각을 열다』, 304)

- 대니얼 데닛의 이 문장을 이 문장만을 두고 읽는다면 생물학자의 입장에서는 다소 기분이 안 좋을 수 있다. 하지만 이 문장이 왜 나왔는지를 본다면 좀 달라진다. 이 문장은 44번째 생각 도구 <종 분화는 언제 일어날까?>라는 글의 거의 마지막 문장이다(정확히는 뒤에서 두번째 문장).

 

종 분화(speciation)은 진화의 역사에서 지금과 같이 다양한 생물종들이 나타나게 된 기본적인 사건으로 여겨진다. 그런데, 대니얼 대닛은,

모든 계통에서의 모든 탄생은 잠재적 종 분화 사건이지만, 종 분화는 거의 절대로 일어나지 않는다.” (301)

 

잠재적 종 분화 사건이지만, 종 분화는 거의’ ‘절대로일어나지 않는다니. 이 모순형용과도 같은 말은 글을 차분히 읽어보면 진화를 이해하는 중요한 통찰을 얻을 수 있게 된다. 그리고 진화에 대한 오해를 바로잡는데도 도움이 된다. , 진화를 딱 어떤 사건처럼 여기는 오해 말이다.

 

지금으로부터 50년 뒤에 우리(호모 사피엔스)의 후손이 대부분 바이러스에 이해 전멸하고 운 좋은 소수만 살아남았다고 가정해보자. 생존자는 그린란드 근처의 외딴 섬 콘월리스에 사는 이누이트족 1000명과 인도양 한가운데 섬들에 고립되어 살아가는 안다만족 1000명의 두 집단 뿐이다.”

 

이런 가정은 충분히 가능한 가정이고, 아마 지구 상의 진화 역사 가운데 무수히 일어났을 사건일 수도 있다. 이런 사건 후 상당한 시간이 흐른다면 이 두 집단이 아주 다른 환경에서 서로 다른 생리적 특징을 발달시켜나갈 수 있을 것이다. 그런 사건을 먼 훗날 종 분화라 불릴 것이다. 이 경우 지리적인 격리에 의한 종 분화이므로 유식하게 말한다면 이소적 종분화(allopatric speciation)이다 (고등학교 교과서에서도 가르치는 것이므로 그다지 유식한 것은 아닐지 모른다). 그렇다면 종 분화는 언제 일어난 것일까?

이 두 집단이 공통 조상을 공유했던 가장 오래된 시기? 인류 대부분을 멸종시켰던 바이러스가 창궐한 그 시기?

하지만 그 때 종 분화 사건이 시작되었는지 아닌지는 오늘날에도 확정되지 않았다.”

 

이런 예는 늑대에서 개로 진화되는 사건에도 적용해볼 수 있다. 언제 늑대가 개로 진화했을까? 누군가는 언제쯤이라고 얘기를 하지만, 그 시기에 정확히 종 분화라는 사건이 일어났는지는 얘기할 수 없다는 것이다. 그냥 전체적으로 보았을 때 종 분화가 일어났다는 얘기다.

 

아마도 물리학자라면 이런 상황을 답답해할 지 모른다. 심지어 그래서 일반화라는 게 결코 쉽지 않은 생물학을 과학이 아니라고 하는 경우도 있는 걸 봤다. 그런데 생물학자는 이런 상황을 결코 우려하지 않는다. 익숙하다는 것이다. 그래서 대니얼 데닛이 그렇게 얘기하는 것이다.

생물학자는 정의나 본질을 꼬치꼬치 따지지 않는 법을 배운 사람들이다. 생물학에서는 중간 사례를 만들어내는 과정이 잘 알려져 있다.”

 

물론 생물학자라 해서 항상 두리뭉실 하게 넘어간다는 것은 아니다. 그런 법을 배웠을 뿐이다.




직관펌프, 생각을 열다

대니얼 데닛 저/노승영 역
동아시아 | 2015년 04월

 

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생명 수수께끼 풀어줄 ‘괴짜 세균’ | Science 2015-05-27 13:25
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생명 수수께끼 풀어줄 ‘괴짜 세균’

진핵생물과 가까운 고세균 발견돼




사이언스타임즈 라운지스크랩

0.2㎛ 크기의 매우 작은 단세포 미생물이 바로 그 주인공인데, 이보다 작은 생명체는 지구상에서 바이러스뿐이다. 생물학자들 사이에서 단순히 ‘괴짜 세균’ 정도로만 인식되던 그 생명체에게 1977년 미국의 미생물학자 칼 우즈는 ‘고세균’이란 이름을 붙여줬다. 고대의 원시지구와 같은 환경에서 사는 세균이라는 의미였다.

그와 동시에 칼 우즈는 기존의 박테리아(세균)를 진정세균과 고세균으로 나눠야 한다고 주장했다. 진정세균이란 ‘진짜 세균’이란 뜻이다. 스탠퍼드대 미생물학자 저스틴 조넨버그는 칼 우즈의 그 같은 주장에 대해 생물학 전 분야에서 DNA 이중나선을 발견한 왓슨과 크릭이나 진화론을 제안한 다윈의 업적에 맞먹는다고 평가했다.

극단적 환경에 서식하는 고세균이 생명 탄생의 수수께끼를 풀어줄지에 대해 관심이 모아지고 있다. 사진은 호염성 고세균의 일종. ⓒ위키피디아 Public Domain

칼 우즈가 그 같은 주장을 한 것은 리보솜 RNA 염기서열을 분석해 비교한 결과, 전혀 예상치 못한 결과가 나왔기 때문이다. 원핵생물과 진핵생물로 분류되는 기존의 이분법과는 달리 고세균은 그 어느 쪽에도 속하지 않는 특별한 차이점을 지니고 있었던 것.

원핵생물은 원핵이라고 불리는 원시적인 세포핵을 가지는 생물로서 대부분 단세포로 되어 있으며 원핵균류와 남조식물 등이 이에 해당한다. 핵산(DNA)이 막으로 둘러싸이지 않고 분자 상태로 세포질 내에 존재하며, 미토콘드리아 등의 구조체가 없는 것이 원핵생물의 특징이다.

이에 비해 진핵생물은 미토콘드리아나 엽록체 등과 같은 소기관을 보유하고 있는 것이 특징이다. 또한 막으로 둘러싸인 핵 속에 DNA를 보유하고 있으며, 세포질 속에는 막으로 둘러싸인 골지체나 리소좀 같은 기타 구조물도 들어 있다.

즉 원핵생물이 하나의 공장이라면 진핵생물은 그 같은 공장들이 엄청나게 많이 모여 있는 대단위 공단인 셈이다. 동물, 식물, 진균 같은 다세포생물의 조상이 탄생된 것은 바로 진핵생물 덕분이다.

그린란드의 심해저에서 발견돼 고세균 ‘로키’

자신의 주장이 점차 정설로 받아들여지자 1990년 칼 우즈는 ‘역(Domain)’이라는 새로운 분류단계를 도입해 지구상의 모든 생명체를 진정세균과 고세균, 진핵생물의 3역으로 나누는 새로운 분류체계를 제시했다.

그것은 파격적인 주장이었다. 당시 170여 종밖에 발견되지 않았던 고세균을 1만여 종인 세균 및 3000만 종이 넘는 진핵생물과 대등한 위치에 두었기 때문이다. 그 계통수에서 칼 우즈는 핵이 없다는 점만 빼면 고세균은 원핵생물(진정세균)보다 오히려 진핵생물에 가깝다고 밝혔다.

하지만 칼 우즈가 제시한 3역 사이의 족보는 아직까지 확실히 정리되지 못하고 있다. 원핵생물에서 진핵생물이 갈려져 나온 후 고세균이 출현했다는 가설을 주장하는 과학자들이 있는 반면, 고세균이 먼저 출현한 다음 거기서부터 진핵생물이 진화했다는 가설이 팽팽해 맞서고 있는 상황이다.

그런데 최근 이 두 가지 가설 중 후자의 손을 들어주는 고세균이 발견됐다. 스웨덴 웁살라대학교의 티스 에테마 교수팀이 그린란드와 노르웨이 사이에 있는 수심 3000미터의 해저에서 채취한 ‘로키’라는 별명의 고세균이 바로 그것. 로키는 지금까지 발견됐던 것 중에서 진핵생물에 가장 가까운 고세균임이 밝혀졌다.

로키는 로키캐슬이라는 해저 화산 열수구 근처에 채취돼 이 같은 별명이 붙었다. 유전체 분석 결과 로키는 다른 고세균에서 발견되는 변종보다 진핵생물의 액틴 단백질과 유사한 유전자를 보유하고 있는 것으로 나타났다. 액틴 단백질은 세포 골격의 형성을 도와 세포를 지지해주고 운동을 가능하게 해준다.

또한 로키는 진정세균이나 다른 고세균과 달리 저분자량 효소 ‘GTPase’의 유전자가 무려 60~70개나 있는 것으로 밝혀졌다. 이 효소는 세포 골격 형성에서부터 소포체를 이용한 물질수송에 이르기까지 다양한 기능을 수행한다. 그밖에도 로키는 다른 원핵생물과는 달리 진핵생물의 막을 구부리거나 자르는 데 관여하는 단백질 복합체 유전자를 여러 개 보유한 것으로 나타났다.

칼 우즈의 3역 분류체계 뒤집는 증거

그런데 로키의 등장은 칼 우즈의 3역 분류체계를 송두리째 흔드는 것이라서 더욱 주목을 끌고 있다. 3역설의 계통수에 의하면 원생생물에서 고세균 및 진핵생물의 공통조상이 갈라진 후 그 공통조상에서 다시 고세균과 진핵생물이 갈라진 것으로 되어 있다.

하지만 로키의 분석 결과에 의하면 원핵생물과 고세균이 갈라진 후 고세균이 여러 집단으로 나뉘어 진화하던 중 어떤 한 집단에서 진핵생물이 등장한 것이 되는 셈. 이는 널리 인정받고 있는 칼 우즈의 3역 분류법이 앞으로 수정될 수도 있다는 사실을 의미한다.

지금으로부터 약 20억 년 전에 일어난 진핵생물의 탄생은 생명의 역사에서 가장 중요하고도 불가사의한 사건으로 취급받고 있다. 지능이나 의식 같은 고등 생물의 특성은 원핵생물의 개념에서는 결코 나타날 수 없으며, 진핵생물만의 독특한 특성이기 때문이다. 그러나 복잡성을 매개하는 초기 진핵생물은 아직 발견되지 않아 어떻게 이들이 진화했는지는 아무도 모르고 있다.

로키는 단번에 과학자들 사이에서 진핵생물과 원핵생물 간의 갭을 메워줄 수 있는 열쇠로 떠올랐다. 그러나 로키가 이 같은 열쇠로 사용되기 위해선 풀어야 할 숙제가 있다. 로키는 심해저에서 채취한 약 10그램의 흙 속에서 검출된 몇 나노그램의 DNA 부스러기를 메타유전체학이라는 기법을 이용해 그 조각들을 짜맞춤으로써 부분적으로 복구된 3종의 고세균들이다.

즉, 실체가 발견된 것이 아니라 부분적으로 짜맞추어진 게놈으로써 존재가 증명된 생명체인 셈이다. 따라서 생사 여부도 알 수 없을 뿐더러 전체 게놈이 아닌 일부 게놈만이 존재하는 상태다.

만약 로키의 세포가 몇 개라도 더 발견된다면, 또한 로키보다 진핵생물에 더 가까운 고세균이 앞으로 더 발견된다면, 인간이 그동안 가장 궁금하게 생각했던 생명 탄생의 수수께끼 중 하나를 풀 수 있게 될지도 모른다.

  • 이성규 객원편집위원


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[책 도착] 사람이라는 딱한 생물 (후쿠오카 신이치) | 책을 읽으며 2015-05-22 13:18
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후쿠오카 신이치의 새 책이다. 

소식을 듣고 주문을 하지 않을 수가 없었다. 

좀 류를 달리하는 <친절한 생물학>을 제외하고는 번역된 그의 책을 다 읽었다. 


생물과 무생물 사이

후쿠오카 신이치 저/김소연 역
은행나무 | 2008년 06월

 

나누고 쪼개도 알 수 없는 세상

후쿠오카 신이치 저
은행나무 | 2011년 04월

 

모자란 남자들

후쿠오카 신이치 저/김소연 역
은행나무 | 2009년 11월

 

베이츠하늘소의 파랑

후쿠오카 신이치 저/이동희 역
파이카 | 2012년 07월

 

동적 평형

후쿠오카 신이치 저/김소연 역
은행나무 | 2010년 03월

 

사람이라는 딱한 생물

후쿠오카 신이치 저/송서휘 역
서해문집 | 2015년 04월

 

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[책 도착] 독한 것들 (박성웅, 정준호 외) | 책을 읽으며 2015-05-22 13:16
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독이라는 것은 이중적이다. 

아니, 이중적이라 생각하는 것 자체가 사람의 관점에서 보는 것이다. 

그 독에 관한 책이다. 

그 독을 진화의 관점에서 파헤쳤다는 데 매력을 느낀다. 



독한 것들

박성웅,정준호 등저
MID 엠아이디 | 2015년 05월

 

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대니얼 데닛을 읽는 이유 | 책을 읽으며 2015-05-21 22:01
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내가 기본적으로 철학자인 대니얼 데닛의 책을 읽는 이유는 무엇일까? 데닛의 책들을 읽으며 이에 대해 좀 헷갈렸었다. 『마음의 진화』, 『자유는 진화한다』, 『주문을 깨다』, 『의식의 수수께끼를 풀다』. 모두 어떤 이유가 있어서 데닛의 책을 한꺼번에 구입해놓고 읽었을 텐데, 왜 이 책들을 읽고 있지, 하는 의문이 들었던 것이다.

원래 데닛의 책이 어려운지, 아니면 번역에 문제가 있는지 책의 내용이 전체적으로 이해되지 않으면서 원래 왜 데닛을 읽고자 했는지를 잊어버리는 사태가 왔던 것이다.

그런데, 『직관 펌프 생각을 열다』를 읽으면서 왜 데닛을 읽는지가 분명해진다.

 

"진화는 나의 모든 책과 마찬가지로 이 책의 중요한 주제다. 진화는 생명뿐 아니라 지식과 학습과 이해를 가능하게 하는 중심적 과정이기 때문이다. 진화에 대한 적절하고 꽤 자세한 지식 없이 개념과 의미, 자유의지와 도덕, 예술과 과학, 심지어 철학 자체의 세계를 이해하려는 것은 한 손을 등 뒤에 묶어두는 것과 같다." (『직관 펌프 생각을 열다』 39~40)

 

그렇다. 나는 그가 철학자 중에서도 드물게 진화의 관점을 가지고 있다고 알고 있었다. 그래서 그를 읽고 싶어했던 것이다. 그렇다면 이미 읽었던 그의 책들을 다시 읽어야 할까 보다.



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[스크랩] [위대한 경제학자들] 출간기념 서평이벤트 당첨자 발표!! | 이벤트 관련 2015-05-21 13:20
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벌써(?) 목요일 입니다!!

 

오늘이 지나면 또 금요일과 주말, 그리고 공휴일이 우리를 기다리고 있네요><

 

더구나 오늘은 <위대한 경제학자들> 당첨자 발표일!!!

 

두구두구

 

참여해 주신 많은 분들께 감사의 말씀을 남기며,

 

 당첨자를 발표하겠습니다!!!

 

ena

안또니우스

까오지

지나고

fogperson

크눌프

팁북

50021004

duetto

가을하늘

 

입니다!!!

 

당첨되신 분들 축하 드리겠습니다!!

 

더불어 좋은 서평!! 부탁드릴게요><

 

 

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오캄의 빗자루? 브레너의 빗자루? | 책을 읽으며 2015-05-21 11:11
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대니얼 데닛은 『직관 펌프 생각을 열다』에서 오캄의 면도날에 이어 여섯번째 생각도구로 오캄의 빗자루를 제시하고 있다.

 

오캄의 빗자루는 에른스트 페터 피셔가 『슈뢰딩거의 고양이』에서 브레너의 빗자루라고 소개했던 것과 동일한 것이다. 오캄의 면도날을 비틀어서 브레너가 만든 말이니 오캄의 빗자루도 맞고, ‘브레너의 빗자루도 맞는 말인 듯 하다. 우연인지는 모르겠지만 『슈뢰딩거의 고양이』에서도 오캄의 면도날바로 다음에 브레너의 빗자루가 소개된다. 아무래도 이 둘의 관계 때문인 듯하다.

 

과학에서 명확하지 않거나 제대로 이해되지 않는 것이 있으면 빗자루로 양탄자 밑으로 넣어버린 다음에 발표를 하고, 연구도 해야 한다는 게 그 빗자루인데, 오캄의 빗자루’, 혹은 브레너의 빗자루를 소개하는 투는 데닛과 피셔가 아주 다르다.

 

우선 피셔는 우호적이다.

우선 새로운 가설이나 발견이 당장 모든 것을 설명하지 못하리란 점을 염두에 둬야 한다. 자신이 탁월한 아이디어나 명쾌한 통찰을 지녔다고 믿는 사람은 일단 그것을 용감하게 발표해야 한다. 그러고 나서 아직 해결되지 않았거나 제대로 이해되지 못한 내용은 브레너의 빗자루를 가지고 양탄자 밑으로 쓸어 넣어버리면 된다. 그런 다음에 자신이 여전히 양탄자 위에 제대로 서 있을 수 잇는지, 그럴 마음이 계속 드는지를 검토해야 한다.” (『슈뢰딩거의 고양이』, 338)

브러네는 훌륭한 아이디어를 지닌 젊은 과학자들이 미해결의 난제들에 짓눌려 기가 꺾이는 일이 발생하지 않도록 이 빗자루를 발명했다. 또한 브레너의 빗자루는 과학이 한두 차례의 성공에 안 된다는 점도 상기시킨다. 그랬다가는 본질적인 물음을 놓칠 수 있기 때문이다.” (『슈뢰딩거의 고양이』, 339)

그러니까 피셔에게 브레너의 빗자루는 과학적 진실이라는 것이 임시적이라는 것을 인정하고, 대담한 가설을 발표할 수 있도록 하는 든든한 지원군인 셈이다.

 

그러나 데닛은 부정적이다.

지적으로 부정적인 사람들이 어떤 이론을 옹호하기 위해 불편한 진실을 양탄자 밑에 쓸어 넣는 짓을 일컫는 용어다. (중략) 여기에 현혹되지 않으려면 눈을 부릅떠야 한다.” (『직관 펌프 생각을 열다』, 61)

데닛은 이 용어를 창조론과 음모론에 적용시키고 있다. , 그 이론을 옹호하는 사람들은 의도적으로 창조론과 음모론에 반하는 증거를 빗자루로 쓸어버리고는 마치 없는 것처럼 여긴다는 것이다. 그러나,

브레너가 오캄의 빗자루라는 신조어를 만들면서 염두에 둔 것은 창조론과 음모론이 아니었다. 그가 지적하고 싶었던 것은, 열띤 공방을 벌이는 와중에는 진지한 과학자조차도 자신이 아끼는 이론에 심각한 손상을 입히는 데이터를 간과하려는 유혹은 이기기 힘들다는 점이다. 하지만 무슨 수를 쓰더라도 이 유혹에 저항해야 한다.” (『직관 펌프 생각을 열다』, 63)

피셔에게 활발한 과학 활동을 촉구하는 빗자루는 데닛에게는 양심에 어긋나는 것이고, 유혹이다. 데닛에게 과학 활동이라는 것은 완벽을 추구하는 것이어야 한다는 전제가 있는 셈이다. 데닛의 지적도 옳고, 피셔의 지적도 옳다. 서로 다른 관점에서 얘기하는 것이니까 둘 중 어느 하나는 그르다고 할 수는 없을 것 같다.

그런데, 실제 과학 활동을 하는 입장에서는... 피셔가 얘기한 브레너의 빗자루가 더 현실적인 것은 사실인 듯하다. 모든 것을 다 설명하는 이론을 추구? 완벽한 이론? 그랬다가는 평생 논문 하나 발표하기 힘들어질 거다



직관펌프, 생각을 열다

대니얼 데닛 저/노승영 역
동아시아 | 2015년 04월

 

슈뢰딩거의 고양이

에른스트 페터 피셔 저/박규호 역
들녘 | 2009년 01월

 

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[대출] 잃어버린 책을 찾아서 (스튜어트 켈리) | 책을 읽으며 2015-05-18 15:12
테마링
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스튜어트 켈리의 <잃어버린 책을 찾아서>다. 

이미 절판된 책이다. 

대출했어도 깨끗한 책이다. 

아마 아무도 찾질 않았다는 증거일 것이다. 



잃어버린 책을 찾아서

스튜어트 켈리 저/정규환 역
민음사 | 2011년 01월

 

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2010-11-29 개설